Le Crédit d’Impôt Recherche : un dispositif fiscal à connaître

24 février 2025 | Fiscalité

Le crédit d’impôt recherche (CIR) est un dispositif fiscal destiné à encourager les entreprises à investir dans la recherche et le développement (R&D). Il s’applique à toutes les entreprises, quelle que soit leur taille ou leur secteur d’activité, dès lors qu’elles engagent des dépenses éligibles en matière de R&D. Ce mécanisme est particulièrement pertinent pour les entreprises agricoles. En effet, elles peuvent également en bénéficier sous certaines conditions spécifiques.

Le cadre général du crédit d’impôt recherche

Le CIR est régi par l’article 244 quater B du Code général des impôts (CGI). Il permet aux entreprises industrielles, commerciales, artisanales, agricoles ou encore aux associations exerçant une activité lucrative, de déduire une partie de leurs dépenses de R&D de leur impôt sur les bénéfices. Le taux du crédit d’impôt est généralement de :

  • 30 % pour les dépenses de recherche jusqu’à 100 millions d’euros
  • 5 % au-delà de ce seuil.

Pour les petites et moyennes entreprises (PME), un taux spécifique de 20 % s’applique aux dépenses d’innovation. Cela dans la limite de 400 000 euros par an.

Les dépenses éligibles incluent notamment les salaires des chercheurs, les amortissements des équipements de recherche, les frais de sous-traitance auprès d’organismes agréés, ainsi que les dépenses liées à l’obtention de brevets. Les entreprises doivent remplir une déclaration spécifique (formulaire n° 2069-A-SD) pour bénéficier de ce crédit d’impôt.

Les spécificités pour les entreprises agricoles

Depuis 1992, le bénéfice du CIR a été expressément étendu aux entreprises agricoles. À condition qu’elles soient imposées d’après leur bénéfice réel (régime réel normal ou simplifié). Cette extension a été confirmée par plusieurs décisions du Conseil d’État, notamment l’arrêt Agrosem du 10 août 2005. Ce dernier a jugé qu’une société commerciale exerçant une activité agricole pouvait bénéficier du CIR. Ainsi, les entreprises agricoles, qu’elles soient sous forme individuelle ou sociétaire, peuvent prétendre à ce dispositif si elles engagent des dépenses de R&D.

Les activités agricoles éligibles au CIR incluent, par exemple :

  • La recherche sur de nouvelles variétés de semences,
  • L’amélioration des techniques de culture,
  • Ou encore le développement de solutions innovantes pour lutter contre les bio-agresseurs.

Ces activités doivent répondre aux critères de la R&D. À savoir, elles doivent présenter un caractère de nouveauté et viser à résoudre une incertitude scientifique ou technique.

Les dépenses spécifiques aux entreprises agricoles

Les entreprises agricoles peuvent inclure dans leurs dépenses éligibles au CIR les coûts liés à des opérations de recherche confiées à des organismes agréés. Tels que des instituts techniques agricoles ou des laboratoires spécialisés. Ces dépenses sont prises en compte pour le double de leur montant lorsqu’elles sont confiées à des organismes publics ou à des établissements d’enseignement supérieur.

Remboursement anticipé pour les PME

Une des spécificités importantes pour les petites entreprises est la possibilité de demander un remboursement immédiat de la créance de CIR non imputée. Cela signifie que si le montant du crédit d’impôt dépasse l’impôt dû, l’excédent est remboursé par l’administration fiscale. Ce qui constitue un avantage significatif pour les PME, souvent confrontées à des contraintes de trésorerie. Ce remboursement immédiat est également accessible aux jeunes entreprises innovantes (JEI). Ces dernières bénéficient par ailleurs d’exonérations fiscales et sociales spécifiques.

Les jeunes entreprises innovantes (JEI)

En effet, Les jeunes entreprises innovantes (JEI) peuvent également bénéficier d’avantages fiscaux spécifiques, en complément du CIR. Pour être éligibles, ces entreprises doivent remplir plusieurs conditions:

  • Avoir moins de huit ans d’existence,
  • Employer moins de 250 salariés,
  • Réaliser des dépenses de R&D représentant au moins 15 % de leurs charges fiscales déductibles.

Les JEI bénéficient d’une exonération fiscale (pour les JEI créées avant le 31/12/2023) totale d’impôt sur les bénéfices au titre de leur premier exercice bénéficiaire. Puis de 50 % au titre du suivant, ainsi que d’une exonération de certaines charges sociales.

Les formalités et précautions à prendre

Pour bénéficier du CIR, les entreprises doivent être en mesure de justifier la réalité et l’éligibilité de leurs dépenses de R&D. Cela implique de tenir une documentation précise sur :

  • Les projets de recherche,
  • Les moyens humains,
  • Les moyens matériels mobilisés,
  • Les résultats obtenus.

En cas de contrôle fiscal, l’administration peut solliciter l’avis du Ministère de la Recherche pour évaluer la qualification des projets.

Également, il est recommandé de recourir à une procédure de rescrit fiscal, qui permet d’obtenir une validation préalable de l’administration sur l’éligibilité des dépenses. Cette démarche offre une sécurité juridique aux entreprises et limite les risques de redressement.

Conclusion

Ainsi, le crédit d’impôt recherche constitue un levier important pour soutenir l’innovation dans tous les secteurs y compris le secteur agricole. En permettant aux exploitants et aux entreprises de réduire leur charge fiscale, ce dispositif favorise le développement de solutions innovantes et contribue à la compétitivité du secteur. Toutefois, il est essentiel de respecter les conditions d’éligibilité et de bien documenter les projets de R&D pour sécuriser l’accès à ce dispositif.

Votre conseiller Cerfrance Alliance Centre se tient à votre disposition pour plus d’informations.

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